Nell’estate del 1992 l’Italia precipitò nel pieno di una crisi drammatica. Dopo la firma del Trattato di Maastricht, che imponeva al paese una dura politica di sacrifici per centrare il traguardo europeo, una serie di avvenimenti scosse alle fondamenta il sistema politico-istituzionale: l’avvio delle inchieste giudiziarie di Tangentopoli, che coinvolse molti politici “eccellenti”, i risultati delle elezioni politiche di aprile, l’uccisione dei giudici Falcone e Borsellino da parte della mafia. Tra l’estate del 1992 e l’estate del 1993, in piena emergenza economica e politica, il sindacato dette un contributo decisivo per l’uscita del paese dalla crisi, collaborando con i Governi Amato e Ciampi, con i quali firmò due accordi fondamentali. Il primo, siglato il 31 luglio 1992, poneva fine al meccanismo della scala mobile e prevedeva misure urgenti in tema di occupazione; con il secondo, firmato il 23 luglio 1993 dopo la ratifica dei lavoratori, si stabilivano per la prima volta nella storia italiana regole certe nel sistema di relazioni industriali: l’intesa prevedeva, infatti, l’introduzione della politica dei redditi e della concertazione, nonché la riforma del sistema contrattuale, articolato su due livelli (nazionale e decentrato), di cui si fissavano tempi e materie.

Negli stessi anni la politica italiana entrò in uno stato di fibrillazione, con la nascita di nuovi soggetti politici, che andarono a sostituire i partiti della cosiddetta “Prima Repubblica”, e con l’introduzione nel 1993 del sistema elettorale maggioritario. Nel 1994 la vittoria elettorale del centrodestra di Berlusconi peggiorò notevolmente i rapporti con CGIL, CISL e UIL; nella CGIL, intanto, Trentin era stato sostituito alla Segreteria da Sergio Cofferati, riconfermato poi al XIII Congresso di Rimini (luglio 1996). Fu sul tentativo di riforma delle pensioni, operato dal centrodestra nell’autunno 1994, che si scatenò la ferma risposta unitaria dei sindacati; la nuova riforma delle pensioni fu varata poi l’anno seguente grazie all’azione del Governo Dini. Nel 1996, invece, il successo del centrosinistra di Romano Prodi nelle elezioni politiche aprì un ciclo virtuoso che, attraverso il risanamento dei conti pubblici, permise nel 1998 l’ingresso dell’Italia nell’Unione Europea. Alla fine dello stesso anno, nel mese di dicembre, veniva firmato tra il Governo D’Alema e le parti sociali l’ultimo importante accordo di concertazione, il cosiddetto “Patto di Natale” per lo sviluppo e l’occupazione.